冻胚移植的时间选择原则，需要根据促排卵方案，卵巢刺激后的恢复状况等来决定。
1、温和方案冻胚移植时机， 包括拮抗剂方案及联合克罗米芬的温和刺激方案 这两种方案没有降调节的过程，对自身的内分泌干预较小，且促排卵药物剂量温和，自身内分泌变化不大，及卵巢体积增大较和缓，恢复也相对快，取卵后第2次月经来潮就可以准备冻胚移植了。
2、微刺激周期及自然周期的冻胚移植时机 微刺激周期同样也不存在降调节过程，且促排卵药物用量很少，基本是模拟自然周期排卵的状况，部分患者会因为内膜不达标需要冷冻胚胎，这种周期取卵后第1次月经来潮就可以预约冻胚移植了。
3、常规降调节长方案的冻胚移植时机 常规降调节长方案，也就是我们俗称的“超促排卵”或“大促”，因应用降调节加上促排卵用药量相对较大，调控月经周期的内分泌轴会受到2～3个月的干扰，卵巢因多卵泡发育，体积增大明显，因此恢复的时间相对慢些，通常经过2个多月的等待，内分泌及卵巢形态基本复原。所以建议取卵周期后第3～4月后月经恢复，再进入冻胚移植周期。
特殊情况的冻胚移植 ：
1、需要做PGD/PGS的夫妇，因胚胎需要做遗传学检测，须等遗传学检测结果出来确认有可移植的正常信号胚胎后，才可以准备冻胚移植。
2、少数有输卵管积水情况需要做腹腔镜手术处理后再行冻胚移植的，一般完成腹腔镜手术后，间隔1个月，即术后第2次月经来潮就可以预约冻胚移植了。如果是子宫肌瘤、或子宫腺肌症等手术，则需要等待6～12个月，子宫创口愈合后才会安排冻胚移植。 3.自然周期或微刺激周期冻胚移植未能妊娠的夫妇，后续的冻胚移植时机选择则无需等待，可连续进行。
